WinMergeのファイルフィルタでsubversionのフォルダ(.svn)を比較しないようにしました。
ファイルフィルタ
exclude_svn.flt
## This is a directory/file filter template for WinMerge
name: exclude .svn Directories
desc:
## Select if filter is inclusive or exclusive
## Inclusive (loose) filter lets through all items not matching rules
## Exclusive filter lets through only items that match to rule
## include or exclude
def: include
## exclude .svn directories
d: \.svn$ ## EXCLUDE SVN
使いやすくなりました・・・。